A brüsszeli HUNINEU Iroda küldetése, hogy a külhoni magyar közösségek érdekeit megjelenítse és – együttműködve az érintett magyar közösséggel – érvényesítse az európai színtéren. Ennek megfelelően az Iroda feladata, hogy tájékoztassa az brüsszeli diplomáciai, politikai közélet szereplőit és az uniós intézmények dolgozóit a Kárpát-medencei magyarság helyzetéről, terveiről, céljairól és érdekérvényesítő tevékenységet fejtsen ki érdekükben.

A HUNINEU Iroda változatos tevékenységgel igyekszik eleget tenni feladatának, a kultúrdiplomácia eszközeitől a szorosan vett lobbizásig széles a skála: törekszünk arra, hogy megjelenítsük a magyar nemzetrészek alkotóinak munkásságát, lehetőséget biztosítsunk a magyar kultúra megismerésére, ezzel párhuzamosan megragadunk minden alkalmat arra, hogy a döntéshozók elé tárjuk a magyar közösségek problémáit és a lehetséges megoldási javaslatokat.

Az Alapítvány a Magyar Nemzeti Közösségek Európai Érdekképviseletéért a magyarországi parlamenti pártok által létrehozott szervezet, amelynek célja, hogy megfelelően tájékoztassa az európai uniós közvéleményt és intézményeket a Kárpát-medencei magyarság helyzetéről, terveiről, céljairól. Az Alapítvány tevékenységével segíti a külhoni magyar közösségek érdekérvényesítését is. Ennek hatékony megvalósítása érdekében, a Kárpát-medencei Magyar Képviselők Fóruma (KMKF) 2007. szeptember 14-i döntése értelmében az Alapítvány létrehozta a Brüsszelben működő Magyar Nemzeti Közösségek Európai Érdekképviseleti Irodáját (a továbbiakban: HUNINEU Iroda).

Az Alapítvány legfőbb döntéshozó szerve, illetve vagyonának kezelője a Kuratórium, amelynek elnöke az Országgyűlés mindenkori elnöke, azaz jelenleg Kövér László házelnök úr.

Az Alapítvány Budapesten működő Igazgatósága az Alapítvány és a HUNINEU Iroda folyamatos működését, valamint a Kuratórium munkáját segítő szerv.

Az Alapítvány a céljait szolgáló feladatok ellátását elsősorban a HUNINEU Irodán keresztül végzi. A HUNINEU Iroda létrehozásával az Alapítvány egy olyan szervet hívott életre, amely naprakész információval tud szolgálni az Európai Unió intézményei, illetve a körülöttük zajló diplomáciai élet szereplői számára a magyar közösségek helyzetéről, törekvéseiről, valamint a magyar nemzetpolitika fejleményeiről. Az Alapítvány Brüsszelben, Strasbourgban és az egyes magyar nemzeti közösségeknél szervezett rendezvények útján is igyekszik az érdekérvényesítést erősíteni. Emellett tájékoztatja a kisebbségi kérdéssel foglalkozó magyarországi intézményeket és a határon túli magyar szervezeteket az Európai Unió intézményeiben zajló azon folyamatokról, amelyek közvetlenül, vagy közvetve érintik a nemzetpolitika helyzetét és meghatározhatják a magyar nemzetpolitika irányait. Ennek érdekében az iroda főbb feladatai közé tartozik a tájékoztatás, a tájékozódás, a határon túli magyarság jelenlétének biztosítása, a szervezés, a kapcsolattartás, illetve a működtető Alapítványnak és azon keresztül a HUNINEU Iroda felállítását kezdeményező KMKF-nek való beszámolás. A HUNINEU Iroda feladatait jelenleg Schnörch Annamária, az Iroda munkatársa látja el.